グループ会社の管理については、
グループの方針、管理目的、状況等を踏まえ、何をどこまで管理するかを決めていくことになります。
起業されて会社が成長していくときは、管理と同等に、経営の柔軟性、スピードを確保することも重要になりますので、バランスが大事になります。

会社法に沿った取締役会の運営、株主総会の開催等、適切に行われることをモニタリングするのは最低限の管理です。
ポイントは、形式的な取締役会議事録、株主総会議事録等を整備するだけでなく、実質的な議論検討がなされていることです。

以下、一般的な子会社管理のポイントです。
自社の状況を踏まえて、子会社の情報を把握したうえで、承認事項、報告事項等の管理方針を決めて管理していくことになります。

①各子会社の概要の整理：社名、住所、株主、代表者、役員、事業の内容、決算期、従業員数　等
②基本書類：定款、登記事項全部証明書、株主名簿、重要契約書　等
　※上記のような事項を把握したうえで、資本、取引の関係図もまとめておいたほうが管理しやすい。

③承認事項：事業計画・予算、重要な契約、重要な人事　等
④報告事項：月次決算書（資金繰り、売上明細等含む）、税務申告書　等

まずは、子会社の情報を整理し、事業、決算の状況を定期的に報告（四半期、月次等）してもらうことが考えられます。
投資家、金融機関に要求される事項をイメージしてもらえばよいかと思います。